Се карактеризира со поголем број врвови и возвишенија повисоки од 2000 метри, кои меѓу себе се раздвоени со длабоки долини. Највисок врв е Пелистер (2601 м). Од релјефните облици на Пелистер највпечатливи се т.н. камени реки. Тоа се наклони на релјефот исполнети со блокови од стени со различен состав. Од хидрографските објекти, со посебна природна привлечност се двете глацијални езера - Големото и Малото Езеро на Пелистер, познати како “Горски Очи”. Растителниот свет на Пелистер е мошне разнообразен, па оттаму и неговото специфично ботаничко значење.

Тука растат 88 дрвни видови, што претставува 29% од вкупната дендрофлора на Македонија. Во вегетацијата на Пелистер се среќаваат 21 растителна заедница, од кои 8 се шумски а 13 тревни заедници. Од шумските дрвни видови најголема вредност има моликата - автохтон вид на петоигличест бор со терциерна старост којшто расте само на неколку планини на Балканскиот Полуостров. Висинската амплитуда на распространувањето на моликата на Пелистер е од 600 до над 2200 метри. НП Пелистер претставува класично наоѓалиште за повеќе од 20 растителни видови, од коишто 2 се локални ендемити. Од рбетниците се среќаваат: 10 видови водоземци, 15 влечуги, 91 вид птици и 35 видови цицачи. Од рибите, значајно е да се истакне присуството на пелистерската ендемична поточна пастрмка (Salmo trutta peristericus) и пелагониската поточна пастрмка (Salmo trutta pelagonicus).