Лежи во тектонската котлина помеѓу планините Баба на исток, Галичица и Петринска Планина на запад и северозапад и Сува Гора на југ. Зазема површина од околу 274 км2, од кои на Република Македонија и припаѓаат 176,8 км2. Се наоѓа на надморска височина од 853 м. Преспанското Езеро како и Охридското Езеро настанато е за времето на плиоцен со спуштање по должината на раседи во земјината кора. Најголемата длабочина на Преспанското Езеро изнесува 54 м. Во Преспанското Езеро регистрирани се 24 ендемични таксони. Од животинскиот свет значајна е фауната на рибите којашто се одликува со висок степен на ендемизам. Од вкупно 13 видови риби 6 се ендемични. На подрачјето на Преспанското Езеро се среќаваат многу видови птици од CORINE листата. Преспанското Езеро од 1995 година се наоѓа на Светската рамсарска листа на значајни водни живеалишта.