Западниот, поголемиот дел (27,3 км2) и припаѓа на Република Македонија а источниот, помалиот (15,8 км2) на Грција. Нивото на езерото е на надморска висина од 148 метри. Тоа е плитко езеро, со најголема длабочина од 10 метри. Дојранското Езеро е создадено во неогено-квартерниот период и има тектонско-вулканско потекло. Всушност, тоа е реликтен остаток од некогашното плеистоценско Пеонско Езеро, коешто зафаќало површина од околу 127 км2. Дојранското Езеро е еутрофно езеро, заради големата продукција на органска материја. Животинскиот свет е претставен од без'рбетници (праживотни-едноклеточни животни, сунгери, црви, мекотели, членконоги, инсекти и др), како и претставници од 'рбетниците (риби, водоземци, влекачи, птици и цицачи). Во Дојранското Езеро регистрирани се 12 фаунистички ендемити. Од 15 видови риби, 1 вид претставува локален ендемит. Некои без'рбетници (посебно вилинските коњчиња) и неколку видови птици, се наоѓаат на листата на CORINE. Дојранското Езеро е познато по традиционалниот начин на ловење риби со помош на птици во огради од трска, т.н. мандри.