Овде се наоѓал Климентовиот универзитет, жариштето на македонската писменост и култура, местото каде што биле удрени темелите на Охридската книжевна школа.

Климент, првиот писател меѓу Македонците, ги составувал тука своите литературни творби меѓу кои ремек делото на средновековната македонска литература: “Пофалното слово на Кирил”. Тука се наоѓала и болница за која самите охридски архиепископи Теофилакт во XII и Димитрија Хоматијан во XIII век - и обата биографи на Климента - пишуваат дека тука се лекувало без употреба на магии, туку со сугестија и хипнотизирање, а на болните им давале напивки и чаеви од разни тревки.

Климент Охридски се смета и за прв македонски композитор и музички педагог. Климент во својот универзитет ќе подготви 3500 ученици кои ќе ја шират македонската писменост во сите православни земји дури до Русија. Со археолошките ископувања во 1965 г., се потврди фактот дека Климент обновил запустен манастир кој бил во форма на триконхос (тролисна детелина). Со развивање на црковниот живот се зголемиле и потребите за поголем простор за верниците и учениците негови, па Климент доградил од западната страна уште една црква. И едната и другата црква од времето на Климент претрпеле помали или поголеми измени.

Во XIV век е изградена нова црква од страна на Кесарот Дука и неговиот син Димитрија, а во XV век Турците - освојувачи црквата ја претвораат во џамија. Моштите на Климент граѓаните ги носат во црквата Св. Богородица Перивлепта - изградена во 1295 г. и оттогаш кај народот таа е позната како црква Св. Климент. Оваа 2000 година од страна на Министерството за култура се одобрени големи материјални средства и е даден приоритет да се довршат археолошките истражувања и во внатрешноста на Климентовиот манастир, со кои истражувања се открија повеќе од петстотини (500) гробови на монаси - калуѓерки и богати гробни наоди: делови од позлатени одежди, голем број на големи енколпиони - двојни пекторални крстови со светителски претставувања на Св. Богородица и Распетието Христово, кои служеле како реликвијари на калуѓерите - монаси од Климентовиот манастир. Откриени се и многубројни копчи, голем број на венецијански монети, чанкасти монети, римски монети и др.

Така со најновите археолошки и научни истражувања на сите овие објекти ќе биде презентирано пред јавноста сe она што земјата криела со илјадници години. На 8 декември 2000 (денот кој е црковен и народен празник Свети Климент), а по повод 2000 години Христијанство, поставен е камен-темелникот на новата, обновена и живописана, Климентова црква посветена на Светиот врач Пантелејмон. Се предвидува таа да биде достапна на своите верници кои ќе можат да се поклонат на гробот на нивниот заштитник и патрон на градот Св. Климент Охридски. Како што напоменавме над Климентовата црква, Св. Пантелејмон, во XV век била подигната џамија од страна на Синан Јусуф Челеби Охризаде.

Во непосредна близина на остатоците на џамијата, која била урната од силен земјотрес во XVII век се наоѓа турбето во кое во 1493 година бил погребан Синан Челеби. Како своја задужбина - завет, ја подигнал џамијата која се споменува со неколку имиња: Царска џамија, Синан Челеби - џамаси, Султан Фати Мехмед - џамаси и така натаму. Од 1491 г. сочуван е еден документ на арапски јазик, според кој Синан Јусуфи подарувајќи го целиот свој имот, ја формирал добротворната установа “Имарет”, збор кој знажи - Трпеза - за сиромаси и сираци - која постоела се до 1912 година и во која се делело секој понеделник и четврток бесплатен леб и супа како на муслиманското, така и на христијанското население.