Кралот Волкашин, а по него и неговиот син Марко ја почитувале автокефалноста на Охридската архиепископија. Таа претставувала единствен црковен авторитет во државата на Волкашин. И Охридските архиепископи, но и прилепските кралеви се потпирале врз етнографската целина на македонскиот народ. Во негово време Македонската православна црква се издигнала во секој поглед и се проширила територијално. Кон неа биле приклучени епархиите: Скопска, Кичевска и Призренска.

Во последните години од XIV век Македонија речиси целата веќе била под турска власт, а во 1408 година под турскиот јарем паднал и градот Охрид. Турците не посегнале по автокефалноста на Македонската православна црква. Со конечното потпаѓање на Балканскиот полуостров под турска власт во границите на Турција се нашле четири самостојни православни цркви: Цариградската патријаршија, Охридската архиепископија, Пеќката патријаршија и Трновската патријаршија. Во почетокот на XV век кон Охридската архиепископија биле приклучени Софиската и Видинската епархија, кои биле одземени од Цариградската патријаршија. Кон средината на истиот век кон неа биле приклучени Влашко и Молдавија, а подоцна и некои православни општини во Италија и Далмација.

Иако се проширила јурисдикцијата на Македонската православна црква, сепак таа претрпела големи материјални штети од Турците. Освојувањето на Македонија било придружено со пустошење на градовите и селата и со грабеж на христијанските имоти. Со раселувањето на населението епархиите ги губеле своите приходи и осиромашувале. Дошло до масовно потурчување на Македонците, особено околу Охридското езеро и Призрен во сливот на реките Дрим и Радика. Ислам примиле цели села во Македонија.

Охридските архиепископи не можеле да им помогнат на своите верници, а Архиепископијата била приморана да плаќа големи даноци. Во втората половина на XVI век Македонската православна црква почнала да губи територии од својата јуриздикција. Во 1557 година, братот на Мехмед паша Соколовиќ, Макариј, успеал да ја обнови Пеќката патријаршија и тогаш од Охридската архиепископија биле одземени не само српските, туку и некои македонски епархии. Истовремено власта на Охридската архиепископија била ограничувана од страна на Цариградската патријаршија. Османлиското владеење во свеста на македонскиот народ е забележан како маченички период. Мнозина од христијаните кои не сакале да го прамат исламот, биле жестоко мачени и убивани. Црквата од тој период ги памети светите маченици Злата Мегленска, Спасо Радовишки, Агатангел Битолски, Ѓорги Кратовски и други. Неспорен е фактот дека исламот во овој период се ширел со меч и заканувања и навистина е Божјо чудо како Македонија сепак останала претежно христијанска земја.

Тешката економска положба ги принудила Охридските архиепископи и нивните митрополити да заминуваат во Европа и оттаму да бараат милостиња. Ваквата тешка положба на македонскиот народ, а воедно и на Охридската архиепископија продолжила и во XVIII век. Тогаш, било засилено физичкото измачување, а турскиот фанатизам ја достигнал својата кулминација. Поради големиот терор над незаштитеното население дошло до потурчување на голем број села во Велешко, Кичевско и Мегленско. Оваа и ваква положба го довела македонското население до потполно осиромашување, што се одразило и на финансиските прилики на Архиепископијата. Таа тогаш западнала во големи долгови за даноци што тешко можела да ги исплати на Царството.