Овој исклучителен споменик на архитектура и живопис, според натписот кој се наоѓа на задниот влез, од внатрешноста, го подигнал византискиот намесник Прогон Згур, роднина на византискиот император Андроник II Палеолог во 1295 година.

Во тоа време архиепископ на Охрид бил Макарие. Црквата и била посветена на Св. Богородица Перивлепта - онаа што гледа од високо. Кога во XV век Турците ја срушиле Климентовата црква - Св. Пантелејмон, моштите на светителот биле пренесени во овој храм, па оттогаш оваа црква кај народот е позната како Св. Климент. Кога катедралниот храм Света Софија исто така бил претворен во џамија, Климентовата црква станала седиште на Охридската архиепископија, која што успеала да ја сочува моќта под османлиите, па дури и уште повеќе, да добие и нови територии под своја јурисдикција.

Во неа биле концентрирани бројни икони, големата архиепископска библиотека со ракописи на пергамент од XI и XII век, црковни садови и голем број на предмети, како и најстарите музички - неумски нотации на византиското црковно пеење. Околу Климентовиот храм се формирал и манастирски комплекс, а во близина на црквата била подигната и архиепископска палата која кон средината на XIX век исчезнала во пожар. Основата на црквата е во форма на впишан крст во правоаголно пространство. Кон западната страна подигнат е нартекс со крстосни сводови, а во централниот дел со слепа купола. Над централниот дел - наосот се издига единствената купола, чиј тамбур се држи на четири четвртести столбови. На источната страна црквата завршува со олтарна апсида, која за разлика од другите нејзини фасади, најповеќе е декорирана со помош на тули. Кон средината на XIX век од обете страни се доградени капели.

Местата што не биле покриени со живопис и денес ни сведочат за убавата керамокласична декорација на фасадите. Климентовата црква е угледен претставник на македонската архитектонската школа од палеологовскиот период. Складната силуета, извонредната игра на архитектонските маси, кои што се спуштаат скалесто од куполата до темелите, се нарушени во XIX век, кога отворениот трем околу црквата бил соѕидан во вид на надворешна припрата што и денес ја опкружува црквата. Вековните таложења на чад од горењето на свеќи и кандила, придонеле фрескоживописот на овој храм да биде невидлив се до најново време. Имено во 1950, односно 1959 г., Републичкиот завод за заштита на спомениците на културата ги отпочна систематските конзерваторски интервенции на архитектурата и врз живописот. Тогаш меѓу многубројните композиции беа откриени и имињата на авторите - зографи на овој живопис - Михајло и Евтихие, кои подоцна ќе ги живописаат и црквите Св. Никита во с. Бањани и црквата Св. Ѓорѓи во Старо Нагоричане.

По извршените конзерваторски работи живописот во црквата Св. Климент го доби дефинитивниот изглед што се гледа и денес. Фреските во оваа црква се поделени во три зони. Во олтарната апсида првата зона ја сочинуваат архиереи во цел раст, втората зона фигури во допојасен раст, а третата композициите “Томиното неверство”, “Тајната вечера” и “Причестувањето на апостолите”. Св. Богородица Ширшаја е насликана во најгорниот дел од апсидата. Во ѓакониконот се насликани повеќе композиции од кои ги издвојуваме: “Среќавањето на Марија и Елисавета” и сцени сврзани со животот на Св. Јован Крстител. Фреските во проскомидијата го илустрираат животот на Св. Богородица. На столбовите во наосот се претставени Светите Воини: Димитрија, Ѓорѓи, Теодор Тирон, Теодор Стратилат, Св. Прокопие и други, а на западниот ѕид е големата композиција “Успението на Богородица”. Третата и четвртата зона во наосот се исполнети со композиции од животот на Христос и маките Христови. Тоа се композициите “Миење на нозете”, “Молитва на маслинова гора”, “Издајството Јудино”, “Оплакувањето” и други.

Во сите овие композиции е потенциран драматизмот кој ќе се негува и понатаму во нашето средновековно сликарство. Во калотата на куполата се наоѓа монументална допојасна фигура на Христос Седржител, опколен со ангели и 12 пророци. Нартексот од црквата е живописен со повеќе композиции од Стариот завет, меѓу кои позначајни се: “Сонот на Набукодоносор” и “Христос - Ангел од Големиот Совет.” Фреско-сликарството во црквата Св. Климент го претставува раниот период од творештвото на зографите Михајло и Евтихиј. Цртежите им се сигурни, колоритот усогласен, композициите хармонични, со многу иконографски новини, иако, зад себе, немаат дела кои би им служеле за непосреден урнек. Карактеристични се фигурите на младите светители, полни со сила и енергија, широки лица, со снажни атлетски тела, полни со живот. На крај ги споменуваме насликаните ликови на Св. Климент Охридски, охридскиот архиепископ Константин Кавасила и претставите на апостолите Петар и Андреја.

Значењето на ова сликарство во оваа црква е наративноста, воведувањето на безброј фигури распоредени по ѕидовите и насликаните композиции - отвораат нова епоха која ќе заврши во манастирот Дечани.